Эксплуатация кранов-штабелеров и надзор за ними должны производиться согласно требованиям Правил по кранам в той части, которая является общей для них и мостовых кранов, и руководствами по эксплуатации. Среди основных правил эксплуатации можно отметить следующие. Высота укладки грузов в таре не должна превышать высоту бортов во избежание падения грузов. При укладке динномерных грузов на пол необходимы прокладки. Тара или пакеты не должны выступать из стеллажа или штабеля.

Ширина опор стеллажа должна обеспечивать опирание груза в случае его смещения на полный зазор. Стеллажи должны иметь упоры, которые исключали бы сдвижение груза в глубину стеллажа. Поднятый груз должен быть равномерно расположен по ширине вилочного захвата, а центр тяжести его отстоять от стенки вил не более чем на 0,6 м при длине вил 1,2 и. Подводка захвата под груз, установка груза в штабель или ячейку стеллажа должны выполняться на малых скоростях механизмов при фиксированном положении грузоподъемника по высоте. Вывод захвата из-под груза производится только после посадки груза на штабель илн в ячейку стеллажа, при этом грузоподъемник опускают на 30 ... 50 мм. На малых скоростях должна выполняться также погрузка и разгрузка транспортных средств, установка груза на приемную площадку.
Зона работы автоматического крана-штабелера должна быть ограждена, а вход в зону оборудован запирающейся дверью с блокировкой.
Во избежание создания помех автоматическому управлению запрещено производить электросварочные работы в помещении склада при работе крана-штабелера.